Jean Calvin commence en 1540 l'organisation du culte protestant en France. A la mort du roi, Henri II, en 1559 (il est mortellement blessé à la tête lors d'un tournoi), c'est son épouse Catherine de Médicis qui a tous les pouvoirs alors que ses trois fils François II, Charles IX puis Henri III se succèdent sur le trône. 
Les convertis sont de plus en plus nombreux, surtout chez les gens des villes, les lettrés et certaines grandes familles, dont fait partie le père du futur roi Henri IV en Navarre (petit royaume situé en France, au Nord des Pyrénées)... En 1560, on en dénombre plus deux millions, soit environ 10% de la population.
Malgré les efforts de Catherine pour maintenir la paix dans le royaume, il s'ensuit presque 40 années de guerre civile entre les communautés catholiques et protestantes, "les guerres de religion", dont l'épisode le plus tristement célèbre est sans-doute le massacre de la Saint-Barthélémy en 1572 et ses 20 000 protestants tués dans tout le pays.

vers 1559 On pense que les premiers missionnaires arrivent dans la région

vers 1561 Montauban devient une ville contrôlée par les protestants (églises occupées)

L'exemple de Montauban est suivi un peu partout dans le département : pillages d'églises à Piquecos, conversion de Saint-Antonin. Certaines villes basculent du côté protestant, d'autres résistent. Les massacres sont perpétrés de part et d'autre, chacun est tenu de choisir son camp, notamment la noblesse et leur puissance militaire. Les Bourbons de Navarre rallient de nombreux seigneurs à leur cause, comme à Caussade, Bruniquel, Monclar, Villemade, Reyniès, Nègrepelisse et Bioule.
Au Nord, la résistance catholique forme un front qui va bloquer l'extension des protestants, avec notamment les villes de Parisot, Montpezat, Saint-Projet.

1562, Toulouse bascule définitivement du côté catholique 

nouveau siège de Montauban. Réalville, Albias, Corbarieu et Villemur se rallient à la "cause" protestante

1563-1572 (fin de la 3e guerre de religion) calme précaire. En 1570, Montauban ainsi que  La Rochelle, Cognac et Charité sur Loire deviennent officiellement des villes protestantes.

Cette invention juridique, au statut reconnu par la loi, est une concession faite par le roi pour assurer la coexistence confessionnelle : les protestants sont autorisés à conserver, en temps de paix, quelques places fortes militaires pouvant servir de lieux de refuge.

C'est la paix de Saint Germain le 8 août 1570  

Les premiers registres protestants (AD82 en ligne) commencent en 1567

avril 1598 (fin de la 5e guerre de religion): Edit de Nantes (Henri IV) qui a mis fin provisoirement aux hostilités en reconnaissant la liberté de culte C'est un compromis qui a été loin de satisfaire tout le monde.

1621-1622: siège de Montauban et des villes alentours  https://fr.wikipedia.org/wiki/Si%C3%A8ge_de_Montauban

La présence des troupes a entraîné de graves épidémies, on le voit très bien à Castelsarrasin où le nombre annuel de testaments a été multiplié par 5 en 1621, par 2 en 1622 par rapport à une année moyenne (malheureusement on n'a pas les S de ces années là, mais presque tous testent "à cause de la contagion"

1628: Louis XIII interdit les assemblées politiques et supprime les places de sûreté protestantes. Mais il maintient la liberté de culte dans tout le royaume, sauf à Paris.

1661-1679  L'État (Louis XIV) interdit l'enseignement de la Bible dans les écoles protestantes, les professeurs n'ont le droit d'enseigner que l'écriture, la lecture et l'arithmétique. 

1679-1685 De plus en plus de restrictions jusqu'à la révocation de l'Edit de Nantes en 1685.

exil d'au moins 200 000 protestants (sur les 800 000 que comptait le royaume à la fin du xvii^e siècle), ceux qui restent se convertissent, entre en clandestinité, principalement dans le grandes villes (Montauban pour le Tarn et Garonne) ou sont assassinés, emprisonnés, exécutés...

 après 1715: Sous les successeurs de Louis XIV, le protestantisme resta interdit, mais l’interdiction fut appliquée de façon progressivement moins militante, et de nombreuses communautés protestantes purent, de ce fait, subsister.

1787: Edit de Versailles (Louis XVI)  l'édit de tolérance qui mit officiellement fin aux persécutions qui visaient l'exercice de la religion protestante en France

1789: La Révolution française redonne un total droit de cité aux protestants et restitue la nationalité française à ceux qui l’avaient perdue en quittant le royaume pour échapper aux persécutions.

Ces quelques repères chronologiques vont orienter pour certaines  recherches généalogiques dans le Tarn et Garonne

autres précisions:

https://museeprotestant.org/notice/les-places-de-surete-protestantes-2/